История Ордена до перенесения столицы в Мариенбург

Орден надежно укрепился в Пруссии, имея огромное количество подданных из числа    новообращенных христиан. Продвигаясь в восточном направлении, рыцари строили много замков и крепостей, которые требовали хороших гарнизонов и обслуживания. Это становилось   все более тягостным грузом для   гражданского населения (в основном крестьян), которые нуждалось в людях, чтобы работать на своих полях и фермах. Многочисленные повинности (строительство и обслуживание замков) отвлекали молодых людей от работы на земле. Участие их в качестве пеших солдат в многочисленных походах рыцарей приводило к катастрофическим потерям среди простого населения. Это   вело к частым восстаниям против правления рыцарей. За восстания рыцари превращали литовцев в рабов или же подвергали ужасным казням. Порабощение языческих заключенных рыцарями считалось совершенно приемлемым, т.к. нехристиане не рассматривались как люди, имеющие права. Эти рабы тогда использовались, чтобы дополнить местную рабочую силу, и часто вместо оплаты работы, солдатской службы  или предоставления земли с немецкими крестьянами рассчитывались пленными. Порабощая литовских заключенных, получали много необходимых физических чернорабочих, но с принятием ими христианства эта возможность пополнения бесплатной рабочей силой была утрачена, и Орден не мог больше рассчитываться с солдатами за их службу и крестьянами за их поставки продуктов.

 Вместе с другими крестоносцами и христианскими королевствами во время очередного крестового похода в Святой Земле, рыцари Ордена понесли огромные потери при сражении под Сепетом в 1265 году, обороняя монастырь Montfort. Даже после заключения мира с Тамплиерами и Госпитальерами - с кем они часто ссорились в течение предшествующей половины столетия, положение Ордена не улучшилось.

В 1291 году, после потери крепости Акра, которую до этого времени можно было считать столицей Ордена рыцари отступили сначала на остров Кипр и затем в Венецию, где они завербовали маленькую группу итальянских рыцарей в их командорстве Санта Тринита , который временно до 1309 года стал основной столицей Ордена. Затем резиденция великого магистра перемещается в замок Мариенбург (Malbork, Mergentheim, Marienthal, Marienburg)в Западной Пруссии, построенный еще в 1219 году.  2/3 земель были разбиты на комтурии, 1/3 находились под властью епископов кульмского, памедского, сембского и вармского. Их магистр Conrad von Feuchtwangen который раньше был провинциальным магистром в Пруссии и Ливонии, к счастью был в Акре когда был избран и был способен продемонстрировать перед своими коллегами рыцарями свои полководческие способности, борясь с варварами Пруссии. Эти усилия оказались недостаточными. Он потратил свои последние годы, пытаясь погасить раздоры между провинциальными владельцами, которые предопределили разделы более поздних лет.